虽说有着这么多优势，氢能源汽车还是不被被业内不看好，正是因为氢能源动力汽车的缺点也很鲜明，既然是氢能源当然是要加氢，但如今像充电桩这么简单的基础设施都尚不能完善，何况是氢能源加注站。数据显示，目前，建成一座加氢能力大于200公斤的加氢站需要1000多万元，高昂的建设成本显然是加氢站快速发展的最大障碍。此外，氢燃料的储备仍存在一定难度，技术上也没有燃油车和纯电汽车那么成熟。

除了加氢成本，燃料电池车相对独立复杂的动力系统也直接导致燃料电池车的成本增加。例如丰田氢能源汽车Miraiyi的售价约6.9万美元，远高于其他动力的同级别车型。

从技术上来说，燃料电池是一种能量转化装置，就是氢原料与空气中的氧结合，最后生成水，以此化学变化将氢动力转化为电力，并用于驱动。

所以说目前各种新能源燃料都有利弊，在没有完全解决之前，都不能确定哪种新能源燃料未来的发展更好，只是从目前数据显示，2019年前10个月，纯电动汽车销量达75万辆，而插电式混合动力汽车销量达19.6万辆，燃料电池汽车只销售了1327辆。由此可见，我国新能源汽车销量主要以纯电动汽车为主，插电式混合动力汽车为辅，而燃料电池汽车的发展仍处于初级阶段。

另外，纯电动汽车的发展离不开政策的支持，在国家加大促进新能源汽车发展时，更多的扶持都是针对电动车的补贴，在最早实施的2013年前标准，插入式(PlugIn)混合动力车可补贴4000-50000元；而纯电动车可补贴60000元。何况，相比传统的烧油的汽车，我国更希望从电动车来实现弯道超车。

在最近工业和信息化部公布的新能源汽车发展的意见稿中还特别提出了，对于新能源汽车发展，国家不会过多地去做人为的干预，应该全部交由市场去选择，不同的企业会有不同的选择。